Die Verarbeitung personenbezogener Daten durch Europol muss mit den einschlägigen Bestimmungen seines Basisrechtsakts (Beschluss 2009/371/JI des Rates), mit der Verordnung (EG) 45/2001, dem Übereinkommen 108 des Europarats, dem Zusatzprotokoll 181 und der Empfehlung für die Polizei in Einklang stehen[63]. Der Rahmenbeschluss 2008/977/JI des Rates ist auf den Austausch von personenbezogenen Daten zwischen den Mitgliedstaaten und Europol anwendbar[64]. Eine gemeinsame Kontrollinstanz, bestehend aus den Mitgliedern der nationalen Kontrollinstanzen, überwacht die Verarbeitung personenbezogener Daten durch Europol sowie die Übermittlung personenbezogener Daten an andere Parteien durch Europol.
De verwerking van persoonsgegevens moet in overeenstemming zijn met de specifieke gegevensbeschermingsvoorschriften van het oprichtingsbesluit (Besluit 2009/371/JBZ), alsook met Verordening (EG) 45/2001, verdrag nr. 108 van de Raad van Europa, aanvullend protocol nr. 181 en de politieaanbeveling[63]. De bepalingen van Kaderbesluit 2008/977/JBZ van de Raad zijn van toepassing op de uitwisseling van persoonsgegevens tussen de lidstaten en Europol[64]. Een gemeenschappelijk controleorgaan, bestaande uit leden van de nationale controleorganen, houdt toezicht op de verwerking van persoonsgegevens door Europol en op de doorgifte van persoonsgegevens aan derden.