Die Kommission hat jedoch die Komplexität des Sapard-Programms unterschätzt. Die Anforderungen, die in diesem Rahmen an die Beitrittskandidaten gestellt wurden (Einrichtung nationaler Zahlstellen) führte zu einer Verzögerung bei der Ausführung des Haushaltsplans; in den Jahren 2000 und 2001 erfolgten so gut wie keine Auszahlungen.
Nochtans zorgden de complexiteit van de reglementering van SAPARD, onderschat door de Commissie, en de eisen die deze stelde aan de kandidaat-lidstaten (nationaal betalingsagentschap) voor een vertraging in de besteding van de middelen; in 2000 en 2001 werd bijna geen geld uitgegeven.