Der gemeinsamen Marktorganisation liegen die Grundsätze guter Entscheidungsfindung zugrunde; dies wird durch eine klare Festlegung der Zuständigkeiten auf Unions- sowie auf nationaler, regionaler und lokaler Ebene, eine langfristige Perspektive, die umfassende Beteiligung der Marktteilnehmer, die Verantwortlichkeit des Flaggenstaats sowie die Kohärenz mit der integrierten Meerespolitik, der Handelspolitik und den weiteren Politikbereichen der Union erreicht.
De gemeenschappelijke marktordening wordt aangestuurd door de beginselen van goed bestuur, hetgeen verwezenlijkt moet worden door middel van een duidelijke definitie van de bevoegdheden, zowel op het niveau van de Unie als op nationaal, regionaal en plaatselijk niveau, een langetermijnvisie, een ruime participatie van de marktdeelnemers, de verantwoordelijkheid van de vlaggenstaat en middels samenhang met het geïntegreerde maritieme beleid, het handelsbeleid en overige beleidsterreinen van de Unie.