Der Hof ermittelte zahlreiche Probleme bei der Durchführung von LIFE II. Dabei handelte es sich insbesondere um Personalausgaben, die nicht durch zuverlässige Buchungen gestützt wurden und Beamtengehälter enthielten, die in der Regel bereits von den öffentlichen Haushalten gezahlt wurden, erhebliche Verzögerungen bei den Zahlungen sowie Unzulänglichkeiten im Finanzierungskonzept der Projekte und den Rechnungsführungssystemen.
De Rekenkamer heeft talrijke moeilijkheden rond de uitvoering van de tweede fase van LIFE II vastgesteld; het gaat met name om personeelsuitgaven die niet berusten op betrouwbare registraties en onder meer bestaan uit bezoldigingen van ambtenaren die reeds gewoon uit overheidsbegrotingen werden betaald, forse vertragingen bij het verrichten van betalingen, en onvolkomenheden in het financieringsplan van projecten en in de boekhoudsystemen.
