Im Vorschlag der Kommission wird eine Vielzahl von Durchführungsrechtsakten genannt, die sich unter anderem auf Folgendes beziehen: die Aufstellung (und künftige Änderung) einer Liste der Unionsquarantäneschädlinge (Artikel 5), einer Liste der prioritären Schädlinge (Artikel 6), einer Liste der Schutzgebiete und Schutzgebiet-Quarantäneschädlinge (Artikel 32), einer Liste der Unionsqualitätsschädlinge (Artikel 37) sowie die Festlegung von Maßnahmen zur Bekämpfung bestimmter Unionsquarantäneschädlinge (Artikel 27).
De Commissie oppert in haar voorstel een groot aantal uitvoeringshandelingen vast te stellen. Een aantal daarvan heeft betrekking op de vaststelling (en toekomstige wijziging) van een lijst van EU-quarantaineorganismen (artikel 5), prioritaire quarantaineorganismen (artikel 6), maatregelen ter bestrijding van specifieke EU-quarantaineorganismen (artikel 27), beschermde gebieden en BG-quarantaineorganismen (artikel 32) alsook kwaliteitsorganismen (artikel 37).