Wird ein ISPA-Projektantrag als zulässig erachtet, nimmt die Generaldirektion Regionalpolitik in enger Zusammenarbeit mit anderen Dienststellen, insbesondere mit den Generaldirektionen Erweiterung, Umwelt sowie Verkehr und Energie eine gründliche Beurteilung des Projekts vor.
Als een aanvraag voor een ISPA-project als aanvaardbaar wordt beschouwd, onderwerpt het directoraat-generaal Regionaal beleid het project aan een grondige beoordeling in nauwe samenwerking met andere diensten, waaronder met name de directoraten-generaal Uitbreiding, Milieu en Energie en vervoer.