Sie ist außerdem eng verknüpft mit weiteren Richtlinien, die die Annahme bestimmter in den Anwendungsbereich der SUP-Richtlinie fallender Pläne und Programme vorschreiben (z. B. die Richtlinien über Nitrat, Abfälle, Lärm und Hochwasserrisiken) Zur Vermeidung von Mehrfachprüfungen können die Mitgliedstaaten gemäß Artikel 11 der SUP-Richtlinie koordinierte und/oder gemeinsame Verfahren für Pläne und Programme vorsehen, bei denen sich eine Verpflichtung zur Durchführung einer Prüfung der Umweltauswirkungen sowohl aus der SUP-Richtlinie als auch aus anderen EU-Rechtsvorschriften ergibt.
Ook is de richtlijn nauw verweven met de andere richtlijnen die de goedkeuring vereisen van bepaalde plannen en programma's die onder het toepassingsgebied van de SMEB-richtlijn vallen (zoals de richtlijnen inzake nitraten, afval, lawaai en overstromingsrisico’s) Om dubbel werk te voorkomen, wordt in artikel 11 van de SMEB-richtlijn bepaald dat de lidstaten gecoördineerde en/of gezamenlijke procedures mogen toepassen wanneer zij uit hoofde van de SMEB-richtlijn en andere EU-wetgeving verplicht zijn de milieueffecten te beoordelen.
