Unterschiede treten insbesondere auf beim nicht übereinstimmenden Finanzierungsvolumen, beim Programmierungsprozess (getrennte Programmierungs verfahren), bei der Projektauswahl (getrennte Bewertungs- und Auswahlprozesse sowie Entscheidungsverfahren), bei der Projektdurchführung (verschiedene Vorschriften für das interne und externe Beschaffungswesen), sowie bei der Projektüberwachung (verschiedene Verfahren für Berichterstattung, Überwachung und Evaluierung).
Problemen vloeien met name voort uit de slechte onderlinge afstemming van financieringsmiddelen, het programmeringsproces (afzonderlijke programmering), de selectie van projecten (afzonderlijke beoordelings- en selectieprocessen, besluitvormingsprocedures), de implementatie van projecten (verschillende regels voor interne en externe aanbestedingsprocessen), en projectmonitoring (verschillende procedures voor rapportage, monitoring en evaluatie).
