Die zweite PCR-Reaktions-Runde ist ebenso anzusetzen wie die erste Runde, jedoch unter Verwendung des WSSV-146-F2/R2 Primersatzes und mit einer zweiten Positivkontrolle, mit der überprüft wird, dass diese Phase der PCR funktioniert hat.
De tweede ronde van de WSSV-PCR-reactie wordt op dezelfde wijze opgezet als de eerste ronde, maar met gebruikmaking van de WSSV 146 F2/R2 primerset en en tweede positieve controle om na te gaan dat deze fase van de PCR heeft gewerkt.