Es sind ebenfalls einige Mängel im Kontrollsystem der Agentur zu bedauern, die keine klare Trennung der Funktion des Anweisungsbefugten und der Buchungsfunktion vorgenommen hat.
Er dient ook kritiek te worden geoefend op bepaalde tekortkomingen in het controlesysteem van het Agentschap, dat geen duidelijke scheiding heeft aangebracht tussen de functies van gesubdelegeerd ordonnateur en boekhouding.