Insbesondere führte TEMPUS II spezifische nationale Prioritäten ein, die den ursprünglichen ,Bottom-up"-Ansatz, bei dem die Initiative ausschließlich von den Universitäten ausging, ergänzten.
Ook de nagestreefde ambities en de aan het programma geknoopte verwachtingen namen toe. In Tempus II zijn met name specifieke nationale prioriteiten ingevoerd, die een aanvulling vormden op de oorspronkelijke «bottom-up-aanpak».