Gemäß der Interinstitutionellen Vereinbarung vom 17. Mai 2006 darf die Mittelausstattung des EGF 500 Mio. EUR jährlich nicht überschreiten. Die Finanzierung des Fonds erfolgt über die bei den einzelnen Ausgabenobergrenzen des vorausgegangenen Jahres verbliebenen Spielräume und/oder über Verpflichtungsermächtigungen, die in den beiden vorausgegangenen Jahren annulliert wurden.
Krachtens het Interinstitutioneel Akkoord van 17 mei 2006 mag het EGF niet groter zijn dan een jaarlijks maximumbedrag van 500 miljoen euro, dat afkomstig kan zijn uit marges onder het totale uitgavenmaximum van het voorgaande jaar en/of uit geannuleerde vastleggingskredieten van de voorgaande twee jaren.