Da das EDCTP-Programm weitgehend aus öffentlichen Mitteln finanziert wird, ist die Frage der Rechte des geistigen Eigentums auch aus Haushaltsgründen wichtig. In Artikel 2 Absatz 3 des Kommissionsvorschlags heißt es, dass die „Modalitäten der finanziellen Beteiligung der Gemeinschaft und die Bestimmungen zu den geistigen Eigentumsrechten gemeinsam im Rahmen einer Vereinbarung zwischen der Kommission und der gemeinsamen Struktur festgelegt werden, unter Berücksichtigung der für den Gemeinschaftshaushalt geltenden Haushaltsordnung.“
Het EDCTP-programma wordt in belangrijke mate met publieke middelen gefinancierd en dit betekent dat het aspect van de intellectuele eigendomsrechten ook om begrotingstechnische redenen van belang is. In artikel 2, lid 3 van het voorstel van de Commissie staat dat "de financiële deelname van de Gemeenschap en de regels inzake de intellectuele eigendomsrechten gezamenlijk worden vastgesteld via een tussen de Commissie en de gemeenschappelijke structuur te sluiten overeenkomst met inachtneming van het financieel reglement voor de begroting van de Gemeenschap".
