Die Mitgliedstaaten tragen Verantwortung für das Funktionieren dieser Agenturen. Seit 2007 verlangt die Kommission als Folge der festgestellten Unzulänglichkeiten von den nationalen Behörden die Abgabe einer „Zuverlässigkeitserklärung“, bevor eine nationale Agentur in Vertragsbeziehungen mit der Kommission treten kann, sowie eine nachträgliche Zuverlässigkeitserklärung für die von der Agentur im Vorjahr verwalteten Mittel.
De lidstaten zijn verantwoordelijk voor de werking van deze agentschappen en vanaf 2007 eist de Commissie, als gevolg van de waargenomen tekortkomingen, van de nationale autoriteiten een "betrouwbaarheidsverklaring" alvorens een nationaal agentschap contractuele betrekkingen met de Commissie kan aangaan, en ex-post voor de kredieten die het agentschap het jaar voordien heeft beheerd.
