Die Ziele von BONUS gehen konform mit dem übergeordneten Ziel des spezifischen Programms „Zusammenarbeit“ des 7. Forschungsrahmenprogramms (7. FRP), einen Beitrag zur nachhaltigen Entwicklung zu leisten, sowie mit den besonderen Zielen der Umweltforschung, d. h. Prävention von Umweltrisiken, Bewirtschaftung der Meeresumwelt, Erhaltung und nachhaltige Bewirtschaftung der natürlichen und vom Menschen geschaffenen Ressourcen und der biologischen Vielfalt.
De doelstellingen van BONUS sluiten aan bij het primaire doel van het specifieke programma "Samenwerking" tot uitvoering van het zevende kaderprogramma – namelijk bijdragen aan duurzame ontwikkeling – alsmede bij de specifieke doelen van het milieuonderzoek, o.a. preventie van milieugevaren, beheer van mariene leefgebieden, instandhouding en duurzaam beheer van natuurlijke en kunstmatige hulpbronnen en biodiversiteit.
