Da die Strukturfonds dezentral verwaltet werden, ist es Sache der Umweltbehörden - häufig gemeinsam mit nichtstaatlichen Umweltschutzorganisationen -, im Rahmen der Verwaltungs- und Begleitausschüsse dafür zu sorgen, dass diese Einbeziehung auch tatsächlich praktiziert wird.
Gezien het gedecentraliseerde beheer van de Structuurfondsen valt de succesvolle integratie van de milieudimensie onder de voor het milieu verantwoordelijke overheden die vaak in beheers- en toezichtcomités samenwerken met particuliere milieuorganisaties.