In dem neuen Protokoll wird die Ausschließlichkeitsklausel aus dem Text des Abkommens beibehalten. Es enthält zudem eine bessere Spezifizierung des Inhalts der Klauseln über die Aussetzung und Anpassung der Zahlung der finanziellen Gegenleistung und über die Aussetzung der Anwendung des Protokolls unter bestimmten Umständen, insbesondere bei Verstoß gegen wesentliche Elemente der Menschenrechte gemäß Artikel 9 des Abkommens von Cotonou (Artikel 8 und 9 des neuen Protokolls).
Het nieuwe protocol bevat ook een exclusiviteitsclausule, net als de overeenkomst, alsmede een betere aanduiding van de inhoud van de clausules inzake opschorting en herziening van de betaling van de financiële tegenprestatie en van de opschorting van de toepassing van het protocol in bepaalde omstandigheden, met name in geval van ernstige schending van de mensenrechten, overeenkomstig artikel 9 van de Overeenkomst van Cotonou (artikelen 8 en 9 van het nieuwe protocol).