In keiner Phase des Gesetzgebungsverfahrens bestritten Parlament und Rat die Erforderlichkeit der Richtlinie, sondern vertraten nur unterschiedliche Auffassungen insb. zu den folgenden Punkten: Anwendbarkeit auch für die Lotsendienste, Genehmigungsvorbehalt für die Hafendienste, Geltungsdauer der Genehmigungen, Ausgleichszahlungen für vorherige Diensteanbieter, Selbstabfertigung, Übergangsmaßnahmen sowie Transparenzregelungen für den Wettbewerb zwischen den Seehäfen.
In geen enkele fase van de wetgevingsprocedure hebben het Parlement of de Raad de noodzaak voor deze richtlijn betwist, maar zij verschilden van mening op vooral de volgende punten: de toepasbaarheid op de loodsdiensten, het onderwerpen van havendiensten aan vergunningen, de looptijd van vergunningen, vergoedingen voor voormalige dienstverleners, zelfafhandeling, overgangsmaatregelen alsmede regelingen ten behoeve van de transparantie van de mededinging tussen de zeehavens.
