Im Falle des Assoziierungsabkommens EU-Ägypten, das im Juni 2004 in Kraft trat, wurde die Menschenrechtsklausel trotz schwerwiegenden Vorkommnisse im Jahr 2005, wie systematischer Folter, anhaltende Notstandsgesetze mit willkürlichen Festnahmen und Gerichtsverfahren vor Militär- und Staatssicherheitsgerichten und schätzungsweise 15.000 Menschen in langfristiger Haft ohne Anklageerhebung, noch nicht geltend gemacht.
De associatieovereenkomst tussen de EU en Egypte trad bijvoorbeeld in juni 2004 in werking, en er is nog steeds geen beroep gedaan op de mensenrechtenclausule, ondanks het feit dat in 2005 sprake was van regelmatige folteringen, de noodtoestand voortduurde en willekeurige arrestaties en processen voor militaire rechtbanken en het staatsveiligheidshof werden voortgezet en nog steeds rond vijftienduizend mensen zonder aanklacht voor langere tijd werden gedetineerd.
