Das „Datenschürfen“ (Data Mining) bei Gesundheitsdaten muss jedoch in Übereinstimmung mit den rechtlichen Bestimmungen, insbesondere denen zum Schutz personenbezogener Daten, erfolgen und kann ethische Fragen aufwerfen. Problematisch ist insbesondere die Einhaltung des Grundsatzes der ausdrücklichen und in Kenntnis der Sachlage gegebenen Einwilligung, wo diese erforderlich ist, wenn beispielsweise der Patient der Verwendung seiner personenbezogenen Daten zu Forschungszwecken nicht ausdrücklich zugestimmt hat, als er um diese Zustimmung gebeten wurde.
De datamining van gezondheidsgegevens moet echter overeenkomstig de juridische vereisten gebeuren, onder meer ten aanzien van de bescherming van persoonsgegevens, en kan aanleiding geven tot ethische kwesties, met name ten aanzien van de eerbiediging van het beginsel van geïnformeerde en uitdrukkelijke toestemming, wanneer dat van belang is, bijvoorbeeld wanneer de patiënt geen uitdrukkelijke toestemming heeft verleend voor het gebruik van zijn persoonsgegevens voor onderzoeksdoeleinden toen hem daarom werd gevraagd.
