Das IMI unterliegt allen einschlägigen Datenschutzvorschriften.[11] Das IMI trägt dazu bei, dass diese Vorschriften beim Austausch personenbezogener Daten durch einzelstaatliche Verwaltungen eingehalten werden, denn es gibt ganz klar vor, welche Daten mit wem unter welchen Umständen ausgetauscht werden dürfen.
De wetgeving inzake gegevensbescherming is volledig van toepassing op IMI[11]. Dankzij IMI is het makkelijker om aan deze wetgeving te voldoen wanneer nationale overheden gegevens uitwisselen.
