Trotz dieser weitgehenden Unabhängigkeit bestimmt Artikel 185 der EU-Haushaltsordnung (im Folgenden HO), dass die Kommission eine Rahmenfinanzregelung für diese Einrichtungen erlassen muss. Denn sie werden aus Gemeinschaftsmitteln finanziert, die zu diesem Zweck im Gesamthaushalt der Europäischen Union bereitgestellt werden.
Ondanks deze vergaande onafhankelijkheid is in artikel 185 van het Financieel Reglement (hierna FR) van de EU vastgelegd dat de Commissie een kaderregeling voor de financiering van deze organen dient vast te stellen, omdat de organen worden gefinancierd met communautaire middelen die beschikbaar worden gesteld uit de algemene begroting van de Gemeenschappen.