Allerdings müssen auch einige im Rahmen der „Leitinitiative der EU zur Innovationsunion“ festgestellte Mängel behoben werden: Unterfinanzierung der Wissensbasis, schwieriger Zugang zu Finanzmitteln, hohe Kosten der Rechte an geistigem Eigentum, geringe Fortschritte in Bezug auf interoperable Normen, ineffiziente Nutzung des öffentlichen Auftragswesens und Doppelarbeit in der Forschung.
Enkele zwakke plekken die door het kerninitiatief Innovatie-Unie zijn geconstateerd, moeten echter nog verholpen worden: te weinig investeringen in kennis, slechte toegang tot financiering, hoge kosten voor intellectuele eigendomsrechten, de langzame totstandkoming van interoperabele normen, niet-doelmatig gebruik van overheidsopdrachten en dubbel werk op het gebied van onderzoek.
