Auch wenn eine befriedigende Lösung für die administrativen Schwierigkeiten gefunden werden könnte, sorgen sich viele bereits im EU-ETS erfassten Sektoren über die möglichen Auswirkungen einer Einbeziehung des Luftverkehrs auf die „Carbon-Preise“, und zwar mit dem Argument, dass der Luftverkehr als geschützter Sektor in der Lage wäre, höhere Preise als viele andere Sektoren zu ertragen.
Zelfs al zou er een bevredigende oplossing voor de administratieve moeilijkheden worden gevonden, dan nog zijn veel sectoren die al tot het EU-ETS zijn toegetreden, bezorgd over het mogelijke effect van de opname van de luchtvaart in de koolstofprijzen. Zij merken daarbij op dat de luchtvaart als beschermde sector hogere prijzen zou aankunnen dan menig andere sector.