Sie ist die Rechtsnachfolgerin der im Jahr 2006 von der Europäischen Kommission eingerichteten Exekutivagentur TEN-Verkehr, die zuständig war für die technische und finanzielle Umsetzung des TEN-V-Programms, einem von drei Sektoren, die durch die Programme für die transeuropäischen Netze zur Schaffung moderner und effizienter Infrastruktur abgedeckt sind.
INEA is de opvolger van het Uitvoerend Agentschap TEN-T, dat in 2006 werd opgezet door de Europese Commissie voor het beheer van de technische en financiële tenuitvoerlegging van het TEN-T-programma, een van de drie sectoren die behoren tot de trans-Europese netwerken om moderne en efficiënte infrastructuur te creëren.