In ihrem Beschluss über die Einleitung des Verfahrens äußerte die Kommission Zweifel daran, ob die drei von der Tschechischen Republik vor dem Beitritt durchgeführten Maßnahmen nicht eine verdeckte Umstrukturierungsbeihilfe für TZ darstellen, was im Widerspruch zum Protokoll Nr. 2 des Beitrittsvertrages aus dem Jahr 2003 (im Weiteren nur „Protokoll Nr. 2“) stehen würde.
In haar besluit tot inleiding van de procedure wees de Commissie erop dat deze drie vóór de toetreding door Tsjechië uitgevoerde maatregelen mogelijk verkapte herstructureringssteun aan TŽ vormden, en in strijd waren met Protocol nr. 2 bij de Akte van Toetreding van 2003 (hierna „Protocol nr. 2” genoemd).